primer3设计引物_怎样设计引物

Design PCR primers-------------PCR引物设计实践教程

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1. 选择需要设计引物的基因——例如EPO

2. 进入NCBI美国国立生物技术信息中心网站National Center for Biotechnology Information

选择基因搜索条目,输入需要查找的基因 ,然后点击search搜索。

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3.每个基因具体有多种物种的——例如EPO有(human)、(house mouse)、 (Norway rat)等等。选择其中需要的点击进入 。

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4.找到条目NCBI Reference Sequences (RefSeq) → mRNA and Protein(s) → 点击1后面的NM_000799.2进入。

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5.进入后找到FEATURES下的CDS 蛋白质翻译区,找到CDS后的参数。如图为182到763

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6.在末尾的ORIGIN基因序列中找出CDS部分的碱基排列 。如图为蛋白质翻译区182到763的碱基排列。

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7.打开PCR引物设计网站Primer3 Input (version 0.4.0)

将刚才找到了蛋白质翻译区的碱基序列复制到下图的框内。

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8.将Product Size Ranges PCR产物长度一般控制在100-250,Primer GC%控制在40到60之间 ,最佳为50 。如图。最后点击pick primers开始电脑设计引物。

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9.得到结果 。

LEFT PRIMER 上游引物序列为tcatctgtgacagccgagtc

RIGHT PRIMER下游引物序列为tttggtgtctgggacagtga

SEQUENCE SIZE: 582 PCR产物长度为582。

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